Ky inspektorat funksionon në kuadër të Ministrisë së Shëndetësisë dhe është përgjegjës për: Inspektimet e institucioneve dhe profesionistëve shëndetësorë, prodhuesve, importuesve qarkulluesve me shumicë dhe pakicë të produkteve medicinale, pajisjeve medicinale dhe profesionistëve farmaceutik, sanitare që kanë për qëllim mbrojtjen e shëndetit publik, preparateve vitaminoze, dietale dhe kozmetike me veprim terapeutik. 

Inspektorati shëndetësor ushtron mbikëqyrjen e jashtme profesionale në institucionet shëndetësore publike dhe private, ushtron mbikëqyrjen e jashtme të veprimtarisë profesionale të institucioneve shëndetësore pa marrë parasysh format e financimit të tyre dhe përkatësinë pronësore.

Inspektorati Shëndetësor ka për qëllim rritjen e cilësisë së shërbimeve shëndetësore dhe kujdesit ndaj banorëve në institucionet shëndetësore.